Мобильный 1 Add news
March 2010
April 2010
May 2010June 2010July 2010
August 2010
September 2010October 2010
November 2010
December 2010
January 2011
February 2011March 2011April 2011May 2011June 2011July 2011August 2011September 2011October 2011November 2011December 2011January 2012February 2012March 2012April 2012May 2012June 2012July 2012August 2012September 2012October 2012November 2012December 2012January 2013February 2013March 2013April 2013May 2013June 2013July 2013August 2013September 2013October 2013November 2013December 2013January 2014February 2014March 2014April 2014May 2014June 2014July 2014August 2014September 2014October 2014November 2014December 2014January 2015February 2015March 2015April 2015May 2015June 2015July 2015August 2015September 2015October 2015November 2015December 2015January 2016February 2016March 2016April 2016May 2016June 2016July 2016August 2016September 2016October 2016November 2016December 2016January 2017February 2017March 2017April 2017May 2017June 2017July 2017August 2017September 2017October 2017November 2017December 2017January 2018February 2018March 2018April 2018May 2018June 2018July 2018August 2018September 2018October 2018November 2018December 2018January 2019February 2019March 2019April 2019May 2019June 2019July 2019August 2019September 2019October 2019November 2019December 2019January 2020February 2020March 2020April 2020May 2020June 2020July 2020August 2020September 2020October 2020November 2020December 2020January 2021February 2021March 2021April 2021May 2021June 2021July 2021August 2021September 2021October 2021November 2021December 2021January 2022February 2022March 2022April 2022May 2022June 2022
News Every Day |

KinaFrag: a free, searchable database of kinase fragments

Four of the six approved fragment-derived drugs are kinase inhibitors, and three of these bind in the active site. Despite these successes, there are plenty of opportunities for new kinase-directed drugs, particularly those targeting cancer resistance mutations. In a recent Brief Bioinform. article, Guang-Fu Yang and colleagues at Central China Normal University describe a new tool to facilitate these discoveries.
The researchers started by trawling multiple databases such as kinase.com, DrugBank, ChEMBL, and the Protein Data Bank for kinase inhibitors. The results were combined and collated to yield a set of 7783 kinase-inhibitor fragment complexes, with more than 3000 unique fragments. Most of these bind in the “front cleft” of the active site, where the adenine of ATP normally binds, but several hundred also sit in the so-called back pocket or the intervening area.
What’s nice is that all this information is available on a free website called KinaFrag. You can download the structures yourself, but the site can also be browsed or searched. Fragments are annotated with links to various databases; here’s an example.
There are some bugs. While I was able to search by physicochemical parameters such as molecular weight and number of hydrogen bond donors, I could not get the substructure search to work. I’d be curious as to whether readers could do so.
To demonstrate the utility of KinaFrag, the researchers describe a case study in which they started with the anticancer drug larotrectinib, which inhibits TRK family kinases. However, the molecule is less effective against several mutations observed in the clinic. Examining the bound structure revealed that the mutations introduce steric clashes. Retaining the hinge-binding fragment while performing virtual screening of fragments from KinaFrag led to molecules such as YT3, potent against both wild type TRKA and two resistance mutants, and further optimization resulted in YT9. 

Not only was YT9 active against the wild type and mutant forms of TRKA, it showed good oral bioavailability and pharmacokinetics in rats. Encouragingly, the molecule slowed tumor growth in both wild type and mutant TRKA mouse xenograft models.
One could debate whether this is an example of FBLD; the discovery of YT9 could also be considered a classic case of scaffold hopping. But semantics aside, this is a nice example of thinking in terms of fragmenting molecules. More broadly, KinaFrag looks like a useful tool for work on kinases – especially if the substructure search works.

Read also

Akwa Ibom APC not missing Akpanudoedehe – Party chieftain

Top 10 Tips to Improve Your Website Traffic

Monster Hunter Rise: Sunbreak review: A delightfully difficult expansion that doesn't disappoint

Прямой эфир РБК. Главные новости России и мира сегодня (Прямой эфир ежедневно)

News, articles, comments, with a minute-by-minute update, now on Today24.pro

News Every Day

Fights on Tap: Cerrone vs. Miller 2 among 15 UFC bouts announced 

Today24.pro — latest news 24/7. You can add your news instantly now — here

News Every Day

Canadian Wood Council mass timber fire test performed as expected

Sports today

Новости тенниса

Диего Шварцман добился победы на старте Уимблдоне

Спорт в России и мире

В Уфе в рамках акции «Каникулы с Росгвардией» олимпийский чемпион Семен Елистратов провёл мастер-класс с детьми


All sports news today


Sports in Russia today


В Кабардино-Балкарии провели открытый турнир по настольному теннису

Новости России

Game News

Волгоградская область остается в лидерах по заболеванию COVID-19



Форвард "Оренбурга" Обухов объяснил продление своей дисквалификации желанием WADA

Губернаторы России

КЛЮЧАВТО: автомобили с пробегом могут занять долю до 50% на авторынке

Михаил Боярский Лето без тебя (1979)

КБГУ и ЛГПУ утвердили совместные образовательные программы

Татьяна Доронина Я бы сказал тебе. (1970)

Пищевая упаковка от концерна «Протек»

Мацуев снова даст открытый концерт на площади в Коломне

Адвокат Марка Фогеля: «С таким набором медицинских карт очень тяжело жить даже на свободе»

Стало известно, кто из звезд уже возложил цветы на могилу Шатунова

Моргенштерна заметили в Чехии с бывшей женой

Ига Свёнтек - о победной серии: Серена и Винус - легендарные теннисистки, себя я таковой не считаю

Диего Шварцман добился победы на старте Уимблдоне

«Челси» может купить Александра Зинченко. Игрок «Арсенала» категорически против трансфера. Рассказываем, как такое возможно

Американка Серена Уильямс потерпела сенсационное поражение на старте Уимблдона-2022

КБГУ и ЛГПУ утвердили совместные образовательные программы

Врач: Влажность может сделать жаркую погоду смертельной

Геронтолог Новоселов рассказал, как спасаться от жары

Детеныши краснокнижной росомахи родились в Московском зоопарке

Игорь Маковский поздравил «Россети Центр и Приволжье» с 15-летним юбилеем!

Игорь Маковский поздравил «Россети Центр и Приволжье» с 15-летним юбилеем!

Футбол. Чемпионат Беларуси. 12-й тур. Осечки БАТЭ и “Шахтера”, “паненка” Савицкого и витебский праздник — в картине субботы   

В Тюмени продают автограф Шатунова за 100 тысяч рублей.

Сын до смерти избил мать в подмосковном Красногорске

Сенатор Круглый поддержал идею повышения зарплат медработникам по решению главврача

Индустрия красоты представила бренды «Сделано в России» и решила вопрос импортозамещения отрасли

Три нижегородских маршрута общественного транспорта отменят в этом году

Путин в России и мире

Персональные новости

Олег Митяев

Олег Митяев выступит на первом послековидном Грушинском фестивале

News Every Day

Europe dominate World swimming and diving podiums

Friends of Today24

Музыкальные новости
"Воскресенье " Олег Митяев

Персональные новости
Близкий друг Путина миллиардер Пугачев. Вся правда о Путине, его семье и деньгах. В гостях у Гордона (2021)

Навальный об уволенном за пост священнике (2021)

Slava Marlow – суперуспех и депрессия в 21 год / вДудь (2021)

Обнаглевшие дети путинской элиты (2021)

Дайте собакам мяса (новый звук) -Владимир Высоцкий

Группа "Рождество" - песня "Так хочется жить!" (Видео с концерта в Киеве группы "РОЖДЕСТВО" в 2011 году в Доме офицеров)

Adriano Celentano Любимая песня Челентано (высочайшая энергетика) talentTV